锦州医科大学基础医学院的前身为始建于1958年的基础部，1997年正式建院，2011年9月由基础学院更名为基础医学院，是学校一个重要的二级教学、科研单位，承担着全校研究生、留学生、本科生等多层次、多院系学生的部分专业基础课程及专业课程的教学及科研工作。

基础医学院现有12个教研室，包括生理学、药理学、病理生理学、生物化学与分子生物学、免疫学、病原生物学、解剖学、组织与胚胎学、细胞生物学与遗传学、神经生物学、病理学、实验动物学教研室。

基础医学院师资力量雄厚，现有国家级教学名师1人，国务院政府特殊津贴获得者6人，辽宁省优秀专家2人，辽宁省高校攀登学者3人，辽宁省优秀教师10人，辽宁省特聘教授5人，辽宁省“兴辽英才计划”青年拔尖人才1人，辽宁省教学名师6人，辽宁省中青年学科带头人1人，辽宁省“百千万人才工程”百、千人层次14人，辽宁省优秀青年骨干教师8人。

基础医学院坚持以学科建设为龙头，稳步提升学科实力。现有基础医学和生物学两个一级学科硕士学位授权点。基础医学院承担着我校医学实验技术专业和基础医学专业的教学管理和学生管理任务。其中基础医学专业于2019 年通过教育部审批，并于同年面向全国招生。锦州医科大学基础医学一级学科2018年入选辽宁省一流学科建设项目，基础医学专业依托于锦州医科大学基础医学院、生命科学研究院、锦州医科大学附属第一医院的教学、科研及医疗资源对学生进行培养；医学实验技术专业于2013年获教育部批准，2015年开始面向全国招生，2019年通过学士学位授予权审核。学校充分利用上海市东方医院、北京博奥医学检验所等单位的优质教学资源，通过产教融合、校企合作等方式，实现人才培养规格与产业行业发展和用人单位实际需求的无缝对接，进行应用型技术人才培养。